Los químicos tóxicos representan una amenaza para nuestra salud y la salud de la Bahía y  han generado el establecimiento de Advertencias sobre el consumo de mariscos. Los programas de monitoreo recaban información que describen las toxinas en los sedimentos de la Bahía de Galveston y el Canal de Navegación de Houston, donde las elevadas concentraciones de metales tales como el mercurio, y los compuestos orgánicos tales como los PCB y los hidrocarburos aromáticos policíclicos (polycyclic aromatic hydrocarbons, PAHs) se encuentran en el sedimento. Los niveles de toxinas orgánicas en el Canal de Navegación de Houston permanecieron con una B. Las toxinas orgánicas más comunes encontradas en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston son Acenaftileno, que es un PAH , y los PCB, aunque sus concentraciones en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston han mejorado. El metal inorgánico que con más frecuencia se encuentra en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston continúa siendo el Mercurio, sin embargo, el porcentaje de muestras de mercurio que excedían los estándares estatales disminuyó, cambiando la calificación de C a B. El número de muestras recogidas en el Canal de Navegación de Houston sigue siendo bajo, lo que dificulta la elaboración de informes sobre estos contaminantes.

Metales tóxicos

Toxinas orgánicas

Dioxinas

Bahía de Galveston

Canal de Navegación de Houston

Las dioxinas en el Canal de Navegación de Houston son monitoreadas como parte del sitio del superfondo de los fosos de desechos de San Jacinto, pero no existe suficiente información para determinar una calificación para las dioxinas en la Bahía de Galveston. Por ello, las dioxinas en la Bahía de Galveston recibieron una calificación de «incompleto». El peligro de los contaminantes de larga data tales como los PCB y las dioxinas es que pueden permanecer en los sedimentos durante décadas y moverse hacia la red alimentaria de la bahía.

El Programa de prevención y respuesta ante derrames petroleros de Texas es reconocido mundialmente por sus iniciativas proactivas y preventivas para mantener el petróleo fuera de nuestras aguas. Sin embargo, se han reportado en promedio 197 derrames petroleros cada año en la Bahía de Galveston desde el 2008. La mayoría de los derrames son pequeños —menos de cinco galones— mientras que otros son grandes. El número total de derrames fue promedio y se obtuvo la calificación de A. En el año 2022, el volumen derramado fue muy inferior al promedio, lo que resultó en una calificación de  A.

La basura es un contaminante abundante en la Bahía. Los plásticos son particularmente nocivos para los animales que los ingieren, por cuanto ocasionan desnutrición, exposición tóxica e incluso la muerte. A pesar de que los desperdicios y basura están ampliamente identificados como problemas serios para la Bahía de Galveston y sus afluentes, no existe un control sistemático en la Bahía para reducir esta clase de contaminación. Las evaluaciones para determinar las vías y áreas de entrada de desperdicios a lo largo de la Bahía y costas de bayous podrían ayudar muchos en establecer las mejores prácticas para reducir la contaminación por desperdicios en el futuro. Se está trabajando mucho para mejorar el control y la eliminación de basura y desechos de la Bahía de Galveston y su cuenca